La historia de esta ermita se remonta año 1392, cuando en Ayora la peste y el hambre se aposentaron en todas las casas.
Debido a esto se produjo la aparición de un ángel a una hornera de Ayora que indicó que tanto las autoridades como la gente del pueblo debían ir en rogativa hasta el lugar de la aparición para que desapareciese la peste y el hambre. Las autoridades y el pueblo creyeron (…), desapareció la peste y huyó el hambre (…), y el mismo año se levantó un modesto oratorio.
En 1599 se edifica la ermita en el lugar del Oratorio.
Los derribos y construcciones se suceden en 1639 se bendice una nueva y en 1786, como la ermita parece pequeña, se construye otra mayor
En 1860, viendo que aún resultaba pequeña para la gran aglomeración del pueblo en el día de su fiesta, se comienza una nueva construcción bajo la dirección de Pardo Martínez.
A pocos metros de esta ermita, se encuentran las ruinas de San Roque (zona conocida, típicamente en Ayora como Los Infiernos).
